El PRIDCA considera la investigación como uno de los pilares básicos de la educación superior y la ha seleccionado como una de las estrategias de intervención para incrementar el conocimiento científico de los escenarios climáticos y de las opciones de adaptación en las cuencas transfronterizas seleccionadas y en otras zonas de riesgo en América Central.
La investigación junto con la extensión universitaria se incluyen en una de las acciones estratégicas que permitirán incrementar el conocimiento sobre los riesgos, escenarios climáticos y sus impactos en el desarrollo sostenible de los países, así como validar o proponer medidas u opciones de reducción del riesgo y de adaptación al cambio climático desde la academia a comunidades vulnerables, instituciones sectoriales, municipios, etc. Además, se espera como uno de los resultados del proyecto la producción de investigaciones aplicadas elaboradas y presentadas a los gobiernos nacionales, instituciones relacionadas para su uso en proyectos de desarrollo.